本調査で採用した地下構造モデルは，８層水平成層構造モデルである。すなわち，「その１調査」の６層水平成層構造モデル（第５層以深を地震基盤相当層とする）の第１層をさらに三分割して，第４層上面を固結シルト層（≒北多摩層）上面と想定し（北多摩層に関する考察は３．３節参照），また第７層以深を地震基盤相当層と想定した。これは，東京都区部に豊富に存在している浅部ボーリング・検層資料を微動アレイ解析に有効に利用することを目的としたものである。

未知パラメータは層厚及びＳ波速度とし，速度逆転層（高速度層よりも深部に存在する低速度層）は存在しないという仮定を設けた。第３層以浅の未知パラメータを設定するに当たり，先に述べた各調査地点のアレイ中心付近で実施された速度検層結果等を参考にした。

上記の新しい地下構造モデルの採用に伴い，「その１調査」の調査地点（ＦＮＤ，ＹＹＧ及びＣＹＤ）における地下構造モデルに対しても同様な手法で，再度検討・解析した。