音波探査は調査対象となる断層（亀川沖西断層、豊岡沖断層、杵築沖断層）に直交する方向に測線を設定し、船上で探査結果をモニタリングしながら断層位置の正確な把握につとめた。各断層における測線数は２ｋｍ程度のものを２ないし３本とした。

ピストンコアリングによる試料採取箇所は、亀川沖断層１箇所、豊岡沖断層２箇所、杵築沖断層２箇所を選定した。コアリングは断層を挟んだ位置で相対的隆起側・沈降側のそれぞれから数本のコアリングを行った。