活動間隔は、府内断層で１，１００年〜３，３００年程度であり、堀田−朝見川断層と由布院断層で１，０００年〜２，０００年程度と推定される。別府地溝南縁断層帯としては、ほぼ同程度と評価される。

・別府地溝北縁断層帯

活動間隔は、短いものでは３，０００年〜４，０００年程度、長いものでは１万年〜数万年以上である。過去数万年以上活動しておらず、活動間隔が約５万年以上で、実質的には活断層とはみなせない断層も含まれる。

・別府湾断層帯

活動間隔は、１，２００年〜３，１００年程度で、各断層とも同程度と評価される。