・別府地溝南縁断層帯

断層帯を構成する各断層の最新活動時期は、同じではない。すなわち、府内断層では、２，３００年ＢＰ頃、堀田−朝見川断層、由布院断層では、２，０００年ないし１，６００年ＢＰ以後である。その前の活動時期は府内断層のみでわかっており、５，６００年ＢＰ頃と６，７００年〜７，３００年（Ｋ−Ａｈ火山灰）ＢＰ頃である。また、府内断層では、Ｋ−Ａｈ火山灰より前の活動は、約１万年前まで生じていないようである。

・別府地溝北縁断層帯

最新活動時期は、最も新しいものでは約２，０００年ＢＰより後であるが、古いものは、Ａｓｏ−４火砕流堆積物（７万年〜９万年ＢＰ）以後活動していない。

・別府湾断層帯

少なくとも主要な活断層の、最新活動時期（１００〜５００年ＢＰ）とその前の活動の時期（２，１００〜２，５００年ＢＰ）は、概ね一致している。最新活動は、西暦１，５９６年の慶長豊後地震に対応していると判断される。　

より前の活動としては、Ｋ−Ａｈ火山灰以後、４，０００年ＢＰ頃までの間に２〜３回の活動が推定されているが、年代や同時性についての詳細なデータは得られていない。　　　

最も頻繁に活動している、別府地溝南縁断層帯と別府湾断層帯を比較すると、最新活動時期が異なっており、南縁断層帯のうち、堀田−朝見川断層と由布院断層については、対応する活動があった可能性は否定できないものの、少なくとも府内断層では、西暦１，５９６年の慶長豊後地震に対応するイベントは確認できていない。

一方、府内断層で２，３００年ＢＰ頃と推定されているイベントは、海域の２，０００〜２，５００年ＢＰのイベントと、ほぼ同時期であり、対応している可能性が考えられる。