調査地域の「別府−万年山断層帯」には、陸域・海域共に多数の活断層が分布している。平成１０年度、平成１１年度に実施した空中写真判読、地表踏査（概査・精査）およびトレンチ・ボーリング調査によって、陸域の断層群については、位置・性格・活動性等についての情報が得られた。その結果、これらの内、別府地溝南縁を画する断層（由布院・堀田・朝見川の一連の断層系）が最も活動性の高い、活動度Ａ級の活断層であることが明らかになった。

また、堀田・朝見川断層の東方延長は、高崎山沖の海域部に延び、大分市内の伏在断層に連続していることが示唆された（「別府湾南岸断層」）。大分市内での伏在断層については、既往ボーリング資料の収集・解析、深部反射法探査、ボーリング調査によって、位置・性状・活動性等の情報が得られ、これもまた、Ａ級の活動性を示す活断層（府内断層）であることが明らかになったが、最新活動時期・別府湾南岸断層との関係、東方から延びてくると予想される中央構造線との関係等についての情報は不十分であった。

別府湾海域の断層群については、島崎・岡村らによる一連の調査で、活断層の分布が概ね明らかにされていたが、各断層の活動性の詳細については、情報が不足していた。平成１１年度には、これらの内の「大在沖断層群」について、音波探査・コアリング調査が実施され、活動性が解明されたが、「別府湾中央断層」などについては、活動性評価のための情報は充分ではなかった。

今年度の調査では、平成１１年度までの調査で残された主な問題点の解明を目的として、以下の内容の調査を計画・実施した。