ボーリング掘削は孔径８６ｍｍで，油圧式ロータリーボーリングマシンを用いて行った（図３−１）。使用した機器の一覧を表３−１に示す。

掘削に当たっては，ボーリングコアをできるだけ良い状態で採取するため，ダイヤモンドビットとメタルクラウンを併用し，ダブルコアチューブ（ビニールスリーブ内蔵収納型）を使用して，泥水を用いた送水掘削によりコアを採取した。また，孔壁の崩壊を防止するため，ケーシングパイプを掘削に伴って順次挿入した。ボーリング調査終了後のボーリング孔は，モルタル充填により孔内閉塞を行った。

堀上がったボーリングコアについては，精密な地質観察を行い縮尺２０分の１の柱状図を作成した。また，精密な地層対比及び地層年代測定のため，^１４Ｃ試料などの年代測定用試料が認められた場合は，これらを採取し測定を行った。