トレンチ調査用地は竹林であったため，トレンチ掘削に先行して竹の伐採および抜根を行った。また，調査用地への重機進入は，既存の山道では幅員が狭いため，周囲の伐採と鉄板を敷くことで幅員を確保した。

トレンチ掘削は，３台のバックホーを用いた。最上部の腐植土層は薄く剥ぎ取り，掘削残土とは別の地点に仮置きした。掘削残土は，おおまかに整形しトレンチ下流側に仮置きした。掘削中および掘削終了後に湧出した地下水は，２台の水中ポンプで排出した。

測量は，掘削開始前に縮尺１／２００の現況測量，水準測量および掘削終了後のトレンチ形状の測量を行った。