最終的なトレンチの規模は，開口部の長さが約１５ｍ，幅が約１０ｍ，深さが最大約４．５ｍ程度となった。

掘削には，０．７０ｍ３級のバックホー（日本製鋼所 ＢＨ７０Ｌ）を用い，床土掘削→本掘削（→南側増掘）の手順で行なった。

床土掘削：　調査終了後に水田として使用できるように復旧するため，掘削範囲および掘削土を仮置きする範囲について，表層の耕作土を厚さ数十ｃｍ分だけはねのけた。

本掘削：　用地と重機取り回しに関する制約から，計画位置の北側から南側に向かって，最大深さ４．５ｍ程度の掘削を行なった。この際，壁面観察時等の便宜や安全性を考慮して，深度１〜２ｍ付近を目安として小段（犬走り）を設けた。

バックホーによる掘削に引き続いて，人力による壁面の整形・洗浄を行なって，詳細な観察や試料採取等の作業環境を整えた。